Pierwsze wzmianki na temat Białego Dunajca pochodzą z 1564 r., kiedy to urzędnicy króla Zygmunta Augusta opisując ziemie Rzeczypospolitej wymienili nową osadę:
„Dunajecz Biały na owej rzece która z Tatrów wypada po stronie polskiej, zasiadło kmieci sześciu”.
Akt lokacyjny wsi Biały Dunajec został wystawiony przez starostę królewskiego w wigilię św. Macieja Apostoła, w dniu 23 lutego 1579 roku. Pierwszym zasadźcą (sołtysem) według prawa magdeburskiego był Jędrzej Pawlik, który za panowania króla Stefana Batorego został żołnierzem piechoty wybranieckiej (jako jeden z trzech tylko „wybrańców” z Podhala). Za męstwo okazane w bitwie z Rosjanami o Psków i Wielkie Łuki w 1580 r. Jędrzejowi nadano szlachectwo. Potomkowie Jędrzeja Pawlika będą nosić później nazwisko Pawlikowscy, a przez jakiś czas również częste dla rodów sołtysich odmiejscowe miano „Białodunajeccy”.
Jędrzej Pawlik za panowania króla Stefana Batorego został żołnierzem piechoty wybranieckiej (jako jeden z trzech tylko „wybrańców” z Podhala). Za męstwo okazane w bitwie z Rosjanami o Psków i Wielkie Łuki w 1580 r. nadano mu szlachectwo. Potomkowie Jędrzeja Pawlika będą nosić później nazwisko Pawlikowscy, a przez jakiś czas również częste dla rodów sołtysich odmiejscowe miano „Białodunajeccy”.
Syn Jędrzeja Michał Pawlikowski wsławił się odwagą w bitwach z Turkami pod Cecorą (1619) i Chocimiem (1620). Syn Michała, Adam Pawlikowski walczył pod wodzą hetmana wielkiego koronnego Stanisława Lubomirskiego w wyprawie wołoskiej przeciwko wojskom tureckim, gdzie w boju okazał „wielkie męstwo i czyn wojenny”, za co został przed królem pochwalony i wyróżniony. Pawlikowscy uzyskali dziedziczny tytuł sołtysa Białego Dunajca. Od nich to najstarsza część Białego Dunajca nosi dzisiaj nazwę Sołtystwo. Do czynności sołtysa należało: prawo dalszego osadzania wsi, sprawowanie zwierzchnictwa nad resztą osadników, prawo sądzenia we wsi, pobieranie danin, monopol na posiadanie młyna „z jednym kołem mącznym”, prawo do postawienia karczmy („propinacyja”) dla wolnego pędzenia i wyszynku piwa, prawo do nieograniczonego polowania na zwierza i łowienia ryb w Białym Dunajcu, prawo wypasu bydła i owiec w Tatrach, posiadanie tartaku, wycinanie drzew dworskich i pobór kamienia z potoków.
W XVII stuleciu wieś sięgała swoim terytorium wierzchołków Tatr, do Białego Dunajca należały wówczas jako przysiółki sąsiednie osady: Poronin, Stasikówka, Murzasichle i Małe Ciche. W 1692 r. Biały Dunajec był niekwestionowanym hegemonem na Podhalu jeśli chodzi o hodowlę owiec; naliczono ich wówczas 2000 sztuk. Właśnie pasterstwo i towarzyszące mu rolnictwo było przez długie stulecia podstawowym źródłem utrzymania białodunajczan. W 1769 roku na trzy lata przed oficjalnym pierwszym rozbiorem wojska cesarzowej austriackiej Marii Teresy wtargnęły na Podhale i do Białego Dunajca włączając je do Korony Świętego Stefana. Oprócz dawnych ciężarów chłopskich doszedł jeszcze obowiązek służby w wojsku austriackim trwający 12 lat. Rozwój wsi w tym czasie zostaje zahamowany właśnie na skutek ucieczki młodych za granicę z powodu długoletniej służby wojskowej. Na początku XIX wieku rząd cesarza Franciszka II Habsburga przeprowadził wyprzedaż części mienia państwowego i dworskiego. W 1809 roku Biały Dunajec został zlicytowany i trafił za cenę 11.850 zł. reńskich w ręce magnackiej rodziny Uznańskich.
Od czasu swojego powstania wieś Biały Dunajec podlegała pod parafię Szaflary. W roku 1830 nowopowstała parafia Poronin przejęła pod swoją jurysdykcję około 30% wsi (obecny Biały Dunajec Górny). Dekretem z dnia 17 kwietnia 1846 roku cesarz Ferdynand I zniósł ciężary włościan, w roku następnym ustawą Sejmu Krajowego utworzono samorząd gminny. Kadencja wójta i rady trwała wówczas 5 lat. Biały Dunajec miał prawo wyboru 18 radnych. Pierwszym wójtem został przedstawiciel starej sołtysiej rodziny Stanisław Pawlikowski Wojciechów.
W 1884 roku powstała pierwsza, drewniana szkoła podstawowa w Białym Dunajcu im. Kazimierza Wielkiego, a w 1889 wybudowano drugą szkołę, murowaną, im. Królowej Jadwigi. W 1902 została założona Ochotnicza Straż Pożarna. W latach I wojny światowej wielu białodunajczan walczyło w szeregach armii austriackiej, część w Legionach Polskich (szczególnie odznaczył się w nich późniejszy generał Andrzej Galica, twórca formacji podhalańskich Wojska Polskiego).
Po odzyskaniu niepodległości Biały Dunajec zaczął się w szybkim tempie rozwijać. W 1919 wybudowano fabrykę tektury korzystającą z energii z turbin wodnych napędzanych siłami potoku Biały Dunajec, a później młyn walcowy, również o napędzie wodnym. Od 1921 roku budowano kościół. Powstało szereg organizacji społecznych – Ognisko Związku Podhalan, Kółko Rolnicze, Koło Gospodyń Wiejskich, Koło Młodzieży Ludowej, Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży itp. W 1938 roku została erygowana samodzielna parafia w Białym Dunajcu. Rozwój miejscowości przerwany został wybuchem II wojny światowej. Na frontach wojennych i w obozach zagłady zginęło kilkudziesięciu mieszkańców Białego Dunajca i okolic (m. in. Stanisław i Jan Sichelscy, Władysław Stachowiec, Aniela, Paweł i Stanisław Cudzichowie, Franciszek Bąk, Antoni Zachemski). Część z nich związana była z ruchem oporu, miedzy innym z Konfederacją Tatrzańską, powstałą jako wyraz sprzeciwu górali wobec współpracy z Niemcami części Podhalan spod znaku Goralenvolk. W grudniu 1944 partyzanci wykonali wyrok śmierci na okupacyjnym wójcie Franciszku Franoszu Burym. Pod koniec stycznia 1945 na Podhale wkroczyła Armia Czerwona.
Okres od końca drugiej wojny światowej do współczesności to czas stopniowej zmiany charakteru miejscowości. Mniejszą rolę zaczyna mieć tradycyjne pasterstwo i rolnictwo, działają spore zakłady produkcyjne – kontynuująca przedwojenne tradycje fabryka tektury oraz filia firmy „INCO-Veritas”; coraz większe znaczenie ma obsługa ruchu turystycznego. Kwitnie życie kulturalne – w latach pięćdziesiątych działa Państwowy Zespół Artystyczny „Biały Dunajec” prowadzony przez działaczkę ludową Zofię Solarzową, nieco później powstają zespoły imienia Andrzeja Skupnia Florka (założycielami byli Janina i Franciszek Sichelscy), imienia Zośki Gracy oraz „Biołodunajcanie” (Maria Porębska). Tworzą tutaj wybitni podhalańscy poeci ludowi – wspomniani patroni zespołów regionalnych Andrzej Skupień Florek i Zofia Graca Gobera. Powstaje Ośrodek Zdrowia (1964), budynek Szkoły Podstawowej nr 2 (1970), Gminny Ośrodek Kultury (1982), wiejskie wodociągi, kanalizacja, sieć telefoniczna, rozbudowana i modernizowana jest sieć drogowa.
Bardzo wyraźnie zaznaczył się w Białym Dunajcu przełom roku 1989 – według ówczesnych kronik i prasy tutaj właśnie dokonano pierwszego w Polsce pokomunistycznej demokratycznego wyboru wójta gminy – został nim Andrzej Majewski. Jego następcami byli Jan Gąsienica Walczak (1998-2002) oraz Andrzej Jacek Nowak (2002 do dziś).
